در سال تحصیلی ۱۴۰۳–۱۴۰۴، مجتمع آموزشی حضرت سیدالشهدا علیه‌السلام با ۵۹۵۹ نوآموز، دانش‌آموز و طلبه و ۸۰۰ نفر ابوابجمعی تمام‌وقت و پاره‌وقت، در قالب ۱۵ واحد آموزشی، یک حوزه علمیه خواهران، کودکستان، و کانون‌های فرهنگی‌تربیتی در شهرستان‌های یزد، مهریز و ابرکوه، همچنان در مسیر رسالت خود گام برمی‌دارد.
پرسنل مجموعه با الگوگیری از پیشکسوتان نیک‌سیرت، تعلیم آموزه‌های دینی، شخصیت‌پروری و تربیت نسل مؤمن و مسئول را سرلوحه خود قرار داده‌اند.
به منظور ساماندهی، نظارت و اجرای مؤثر مأموریت‌ها، دفتر مرکزی جامعه تعلیمات اسلامی یزد تأسیس شد و با ایجاد معاونت‌های تخصصی، هماهنگی، برنامه‌ریزی و پشتیبانی مستمر فعالیت‌های مدارس را عهده‌دار گردید. این معاونت‌ها عبارت‌اند از :
• معاونت پرورشی: مسئول توسعه فرهنگی، دینی و هنری دانش‌آموزان، اقامه نماز و قرآن، آموزش خانواده، تجهیز کتابخانه‌ها و برنامه‌ریزی برای والدین و کادر آموزشی.
• معاونت آموزشی: راهبری برنامه‌های کلان آموزشی، تدوین درسنامه‌ها، برگزاری دوره‌های ضمن خدمت و ارتقاء کیفیت آموزش.
• معاونت فناوری: پشتیبانی نرم‌افزاری و سخت‌افزاری، راه‌اندازی کلاس‌های مجازی و آموزش حرفه‌ای رایانه.
• معاونت اداری مالی: مدیریت منابع انسانی، ثبت‌نام، حسابداری، شهریه، بودجه و امور مالی.
• معاونت اجرایی: پشتیبانی تجهیزات، اردوها، مراسم‌ها و فعالیت‌های اجرایی مدارس و دفتر مرکزی.
ساختار اداری نیز شامل دفتر مدیریت، امور بانوان، ارتباطات، حقوقی، انجمن اولیا و مربیان و دبیرخانه است.
علاوه‌براین، دفتر توسعه و برنامه‌ریزی و نظارت با هدف ارتقای عملکرد آموزشی، به تحلیل و طراحی سازوکارهای آموزشی می‌پردازد و روابط عمومی مجموعه نیز وظیفه پوشش رسانه‌ای، مستندسازی و تبلیغات فرهنگی را بر عهده دارد.
از دیگر واحدهای زیرمجموعه می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
• حوزه علمیه خواهران حضرت سیدالشهدا (تأسیس ۱۳۹۲)، با فعالیت در سطح دو
• کانون فرهنگی‌تربیتی در بلوار پاسداران و ده‌بالا، ویژه اردوها و مناسبت‌های ملی–مذهبی
• انتشارات جامعه با تولید بیش از ۱۰۰ عنوان کتاب، جزوه و محصولات فرهنگی
• مرکز خرید جامعه برای تهیه اقلام مورد نیاز مدارس و کارکنان، با امکان خرید اقساطی
• صندوق قرض‌الحسنه فاطمه‌الزهرا (س) با خدمات وام بدون کارمزد به بیش از ۶۰۰ عضو
• پارک علمی، پژوهشی و مهارتی (در حال راه‌اندازی)
• مؤسسه رفاه و اقتصاد جامعه (در شرف تأسیس) برای پشتیبانی مالی مجموعه
ثمره این ساختار منسجم و دغدغه‌مند، پرورش نسلی از دانش‌آموختگان در سطوح عالی علمی، دینی و اجرایی کشور است؛ افرادی که امروز در جایگاه‌های مختلف چون فقاهت، طبابت، مهندسی، تعلیم، تجارت و مسئولیت‌های ملی خوش درخشیده‌اند.